سید حسین حسینی پس از حدود ۱۳ سال حضور در تیم استقلال و در شرایطی که همچنان عضو تیم ملی فوتبال کشورمان به شمار می‌رفت با بهترین آمار به لحاظ کمترین گل خورده در فصل بیست و چهارم لیگ برتر در حالی از جمع استقلالی‌ها کنار گذاشته شد که خودش به شدت علاقمند به ادامه همکاری با استقلال تا پایان دوران فوتبالش بود. 

در همان دوران گروهی از هواداران و پیشکسوتان این اتفاق را مثبت تلقی کردند و حسینی را دروازه‌بانی لایق نمی‌دانستند اما بخش عمده و بزرگی از طرفداران این تیم و پیشکسوتان استقلال با توجه به اینکه این مجموعه نتوانسته بود جایگزین مناسبی برای حسینی پیدا کند این اقدام را اشتباه مرگباری برای تیم استقلال در فصل بیست و پنجم لیگ برتر توصیف کردند. 

در اینکه چه کسانی باعث جدایی حسین حسینی از استقلال شدند صحبت‌های زیادی مطرح شد و اسامی مختلفی در میان بود تا اینکه علی تاجرنیا سرپرست مدیرعاملی باشگاه استقلال در حاشیه مراسم قهرمان ایران درباره شایعات دخالتش در امور مختلف تیم استقلال گفت: «در کل تیمداری باشگاه در رشته‌های مختلف، اعمال نفوذ نکرده‌ام و حتی یک خواسته دلی که برای یک بازیکن داشتم هم عملی نشد. این خواسته درباره سیدحسین حسینی بود که معتقد بودم که با توجه به اینکه کاپیتان تیم بود، حرمتش را باید حفظ کرد. وقتی از نظر فنی آفای نظری و ساپینتو تصمیم گرفتند که حسینی برود، تسلیم شدم. تصمیمات هیات مدیره به صورت جمعی گرفته می‌شود».

با این اعتراف صریح مشخص می‌شود که نظری جویباری که در آن برهه مدیرعامل باشگاه استقلال بود همراه با ریکاردو ساپینتو چنین تصمیمی گرفته بودند. 

یادآور می‌شود؛ سید حسین حسینی پس از جدایی از استقلال راهی اصفهان و تیم سپاهان شد و همچنان به عنوان دروازه‌بان اصلی تیم باشگاهی خود و یکی از بازیکنان ملی پوش اعزامی به جام جهانی مشغول فوتبال بازی کردن است. اما استقلال به جای حسین حسینی دروازه‌بان پا به سن گذاشته اسپانیایی آنتونیو آدان را به خدمت گرفت. 

بیشتر بخوانید: هزینه اسنپ جام قهرمانی پرسپولیس با من/ آخرین بار که مدعیان به آسیا رفتند جنگ نشده بود