اجرای رتبه‌بندی برای معلمان طرح مهرآفرین با مشکلاتی همراه بود، در ابتدا قرار بر این بود تا این افراد پس از برگزاری یک آزمون و دریافت کد شناسه مشمول رتبه‌بندی شوند؛ اما مجلس در قانون ترمیم حقوق، آزمون را حذف کرد و قرار شد معلمان مهرآفرین بدون هر نوع آزمونی از مزایای رتبه‌بندی بهره‌مند شوند؛ اما هم‌اکنون این گروه از مشکلات دیگری در مسیر اجرای رتبه‌بندی خبر می‌دهند.

به گفته معلمان طرح مهرآفرین، قرار است علی‌الحساب رتبه‌بندی از حقوقشان کسر شود و برخلاف سایر معلمان، رتبه‌بندی به جای اول مهر ۱۴۰۰ از ابتدای مهر ۱۴۰۱ شامل حال آنها می‌شود.

 چند و چون این موضوع را پیگیری شد و در نهایت پیگیری‌ها حاکی از این بود "مقرر بود معلمان مهرآفرین از اول شهریور ۱۴۰۰ به بعد مشمول رتبه‌بندی شوند اما چون این افراد کد شناسه نداشتند باید در آزمون شرکت می‌کردند.

مجلس شورای اسلامی در بحث متناسب‌سازی حقوق و در قانون ترمیم، رتبه بندی را اضافه کرد تا معلمان مهرآفرین بدون آزمون مشمول رتبه‌بندی شوند و تاریخ اجرا از اول مهر ۱۴۰۱ تعیین شد. هم‌اکنون شرکت در آزمون برای معلمان مهرآفرین حذف شده است؛ اما رتبه‌بندی از اول مهر ۱۴۰۱ مشمول آنها می‌شود".

به نظر می‌رسد برای حل مشکل نیاز است معاونت حقوقی ریاست جمهوری در این رابطه نظر دهد یا مجلس روند را اصلاح کند.