یکی از اصلی‌ترین نگرانی‌های زائران، وضعیت حمل‌ونقل محسوب می شود. ازدحام شدید در مرزها، ناکافی بودن وسایل نقلیه عمومی و نبود نظام منسجم برای ساماندهی اتوبوس‌ها و خودروهای بین‌شهری، موجب بروز صف‌های طولانی، معطلی‌های طاقت‌فرسا و در برخی موارد نارضایتی شدید زائران می‌شود. این مشکلات نه‌تنها روند حرکت کاروان‌ها را کند می‌کند، بلکه باعث خستگی مفرط و افت روحیه افراد می‌شود.
اسکان و اقامت نیز دغدغه مهم دیگری است. با توجه به حجم بالای زائران، امکانات محدود در شهرهای مرزی و شهرهای مسیر پیاده‌روی، به‌ویژه نجف و کربلا، پاسخگوی نیاز همه زائران نیست. اگرچه موکب‌ها تلاش بسیاری در ارائه خدمات دارند، اما گاه نبود مکان مناسب برای استراحت، بهداشت ناکافی و ازدحام بیش از حد، کیفیت تجربه معنوی زائران را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
مسائل بهداشتی و درمانی نیز از چالش‌های جدی این سفر است. گرمای شدید، کمبود آب آشامیدنی سالم، فرسودگی ناشی از پیاده‌روی طولانی و دسترسی محدود به خدمات درمانی فوری، موجب نگرانی بسیاری از زائران و خانواده‌های آنان شده است. در برخی موارد، نبود دارو یا مراقبت‌های پزشکی در مناطق دور از مراکز درمانی، وضعیت را بحرانی‌تر می‌کند.
یکی دیگر از دغدغه‌ها، وضعیت امنیتی و انتظامی در طول مسیر است. هرچند نیروهای امنیتی در دو سوی مرز تلاش بسیاری برای ایجاد فضای ایمن انجام می‌دهند، اما زائران همواره نگران گم‌شدن مدارک، سرقت اموال یا گم‌شدن همراهان خود هستند. نبود یک سامانه متمرکز و دیجیتال برای ثبت اطلاعات زائران نیز بر این اضطراب‌ها می‌افزاید.
چالش‌های ارزی و مشکلات بانکی نیز در سال‌های اخیر به یک معضل تبدیل شده است. بسیاری از زائران با محدودیت در خرید ارز، نبود زیرساخت‌های مالی مناسب در کشور مقصد و عدم امکان استفاده از کارت‌های بانکی مواجه هستند. این مسئله هزینه‌های سفر را افزایش می‌دهد و برنامه‌ریزی اقتصادی زائران را دچار اختلال می‌کند.
در نهایت، هماهنگی ضعیف بین نهادهای ایرانی و عراقی و نبود یک سازوکار یکپارچه برای هدایت و خدمت‌رسانی به زائران، مهم‌ترین دغدغه پنهان اما اثرگذار در این مسیر است. بسیاری از خدمات به‌صورت پراکنده و غیرهماهنگ ارائه می‌شود و همین امر موجب بروز نارضایتی و حتی سردرگمی زائران می‌گردد. ایجاد سازوکاری واحد و پاسخ‌گو می‌تواند از فشارها و نابسامانی‌های فعلی تا حد زیادی بکاهد.
مدیرکل راهداری استان تهران از خدمات‌رسانی ۲۳۱۴ اتوبوس به زائران اربعین خبر داد و گفت:تاکنون ۸۹۹ اتوبوس و ۲۰۲۴۷ نفر مسافر به مرزهای هدف اعزام شده‌اند.
مهرداد جهانی مدیرکل راهداری و حمل‌ونقل جاده‌ای استان تهران اظهار کرد: ۲۳۱۴ دستگاه اتوبوس در ایام اربعین به زائران خدمات‌رسانی می‌کنند و تاکنون ۸۹۹ دستگاه اتوبوس و ۲۰۲۴۷ نفر مسافر به مرزهای هدف و نجف اعزام شده‌اند.
وی با اشاره به تدابیر اندیشیده شده برای تسهیل حمل‌ونقل زائران اربعین حسینی افزود: برنامه‌ریزی شده که ۸۰ درصد بلیت‌های حمل‌ونقل به صورت اینترنتی عرضه شود تا زائران بتوانند به راحتی و بدون هیچ مشکلی بلیت‌های خود را تهیه کنند.
وی افزود: مدیریت جریان عظیم زائران در ایام اربعین که با انتخاب مرزهای متنوع و شرایط پویای سفر همراه است، به دقت انجام می‌شود. از این رو از زائران تقاضا می‌شود سفر خود را به گونه‌ای برنامه‌ریزی کنند که پیش از ایام پیک آغاز شود و حتماً بلیت خود را پیش از مراجعه به پایانه‌های مسافربری از سامانه‌های رسمی تهیه کنند.
مدیرکل راهداری و حمل‌ونقل جاده‌ای استان تهران یادآور شد: برای نخستین بار، پیش‌فروش بلیت برگشت زائران اربعین از مرزهای مهران و خسروی به منظور مدیریت سفر برگشت و جلوگیری از هرج و مرج فراهم شده است.
جهانی با اشاره به جایگاه ویژه استان تهران در کشور افزود: به دلیل موقعیت جغرافیایی و قرارگیری استان تهران در مسیر ارتباطی سایر استانها، حجم بالایی از ترددها از این استان عبور می‌کند. از این رو، تمامی وسایل حمل‌ونقل عمومی استان در ایام اربعین فعال و آماده خدمت‌رسانی به زائران عزیز هستند.
