در ۱۵۵۳ لیسانس هنر خود را در رم دریافت کرد و پس از آن در رم و فلورانس شروع به تدریس کرد. در ۱۵۵۷ دکترای الهیاتش را دریافت کرد. وی از کتابخانههای ایتالیا در راستای پژوهشهای تاریخیاش بازدید کرد و در ۱۵۵۹ به آلمان رفت. در ۱۵۵۶ به وی پیشنهاد داده شد تا اسقف شود؛ اما وی این جایگاه را رد کرد و پس از آن مصحح کتابهای کتابخانه واتیکان شد که جایگاه مهمتری به شمار میرفت. وی در ۲۷ آوریل ۱۵۶۸ در کاردینال درگذشت.
وی یکی از بزرگترین مورخان کلیسا و باستانشناسان عصر خود به شمار میرفت. پولوس مانوتیوس از علمای آن دوران از پانوینیو بهعنوان کسی که سخت نسبت به تاریخ باستان علاقهمند است یاد کرده و ژولیوس سزار اسکالیگر نویسنده و فیلسوف ایتالیایی آن دوران از وی به عنوان «پدر تاریخ» یاد کرده است.
در ۱۵۶۵ توانست یک نقشه باستانشناسی بزرگ از رم باستان تهیه کند. همزمان شروع به همکاری با یک کندهکار فرانسوی با نام اتین دوپراک کرد. این کندهکار پس از مرگ پانوینیو تصاویر آثار چاپی او را تهیه کرد. همه آثار پانوینیو در زمینههای تاریخ، الهیات، باستانشناسی و... تاکنون بهطور کامل منتشر نشده است و نسخ برخی از آنها در کتابخانه واتیکان نگهداری میشود. پرتره به جای مانده از وی که اثر نقاش ونیزی دوران رنسانس، تینتورتو است اکنون در گالری کولونا نگهداری میشود.
