طبق گزارش محیط‌زیست بیش از ۸۰ درصد تالاب بندعلیخان خشک شده است و بخش باقی‌مانده نیز به‌شدت آلوده به پساب‌های صنعتی است. این آلودگی‌ها عمدتاً از سوی واحدهای صنعتی مانند چرم‌سازی‌ها و صابون‌سازی‌های شهرک چرمشهر وارد تالاب می‌شوند. اگرچه در حدود ۱۱ سال پیش طرحی برای تصفیه پساب در این واحدها راه‌اندازی شد، اما پروژه نه تنها به‌طور کامل تکمیل نشد، بلکه سیستم فعلی نیز فقط بخشی از فاضلاب را تصفیه می‌کند.این تالاب که بیش از ۷۵ برابر دریاچه چیتگر وسعت دارد، اکنون به یکی از منابع اصلی تولید گردوغبار در اطراف تهران تبدیل شده است. با توجه به اینکه تهران در حال حاضر سه برابر استاندارد جهانی ریزگرد دارد، خشک‌شدن و آلودگی این تالاب تهدیدی بزرگ برای هوای پایتخت محسوب می‌شود.عباس حسن نژاد، مدیرکل محیط زیست استان تهران می‌گوید که ورودی آب به تالاب‌ها نزدیک به صفر رسیده است و پوشش گیاهی منطقه نیز به‌شدت آسیب دیده است.
حسن نژاد درباره دیگر عوامل خشک شدن مهمترین تالاب تهران گفت که خشک‌شدن تالاب بندعلیخان ترکیبی از عوامل انسانی و اقلیمی است. از جمله مهمترین عوامل انسانی می‌توان به احداث اتوبان، ساخت آب‌بندهای انحرافی، قطع حق‌آبه، و تخلیه پساب صنعتی اشاره کرد. این اقدامات باعث از بین رفتن جریان طبیعی آب به سمت تالاب و افزایش غلظت آلاینده‌ها شده‌اند.
