او همچنین کتاب «خلیج‌فارس» را در ۵مجلد به شرح زیر نوشته است:
جلد اول: تاریخ سیاسی و اقتصادی پنج شهر بندری از ۱۵۰۰ تا ۱۷۳۰
جلد دوم: برآمدن عرب‌های خلیج از ۱۷۴۷ تا ۱۷۹۲
جلد سوم: ظهور و سقوط بندر لنگه
جلد چهارم: بندرعباس: دروازه آبی طبیعی جنوب‌شرقی ایران
جلد پنجم: خلیج فارس و مناطق داخلی کشور: بوشهر، برازجان، کازرون و بندرعباس.
فلور در این کتاب عظیم داستان جذاب تغییر تجارت از خلیج پایین به خلیج بالا را روایت می‌کند. این کتاب از ورود نخستین شرکت‌های تجاری هلندی و سپس بریتانیایی و نیز ظهور حاکمان محلی و تسلط آنها بر خلیج فارس سخن می‌گوید؛ امام عمان در مسقط، قواسم در تنگه هرمز، کاعب در شط العرب، شیخ ناصر در بوشهر و بحرین، میرمهنا در دشتستان و عُتوبی‌ها در کویت، بحرین و زبارة. سرانجام، این کتاب توضیح می‌دهد که چگونه به‌دلیل عدم علاقه دولت‌های فارسی و عثمانی به این منطقه، ناوگان بمبئی شرکت هند شرقی به‌طور فزاینده‌ای قدرت دریایی خود را برای حفاظت از منافع تجاری در خلیج‌فارس به‌کار برد و همین راه مداخله را برای نقشی مشابه که نیروی دریایی سلطنتی بریتانیا در قرن نوزدهم ایفا کرد، هموار کرد.
فلور در مصاحبه‌ای گفته است: هلندی‌ها صرفا با اهداف اقتصادی به ایران آمده بودند. از طرفی، ایران قرن هفدهم هم اعتنایی به تحولات فرهنگی و علمی جهان نداشت. مثلا میسیونرها چاپخانه به اصفهان بردند. ارمنی‌ها هم همین کار را کردند، ولی شاه عباس گفت که نمی‌خواهیم. رافائل دومان، میسیونر فرانسوی که حدود پنجاه سال در ایران عصر صفوی زندگی کرد و با دربار و دانشمندان ایرانی هم روابط خوبی برقرار کرده بود در کتاب خودش نوشته که دانشمندان ایرانی صرفا درگیر جبر و اصطرلاب هستند و به تحولات علمی دیگر اعتنایی ندارند. فضای ایران آن زمان از این نظر با عثمانی خیلی متفاوت بود.
مثلا عثمانی‌ها سال۱۷۳۳ چاپخانه‌ای در استانبول راه انداختند و شروع به ترجمه نشریات اروپایی کردند تا مردم با این تحولات آشنا شوند، اما در ایران چنین نبود. فکر می‌کنم علتش در این بود که ایران در آن زمان نظری به جهان بیرون نداشت و بیشتر متوجه درون خودش بود و نمی‌خواست با دیگران کاری داشته باشد. مثلا دانشمندان ایران دوره صفوی را با ایران دوره سامانی و غزنوی و شخصیت‌هایی مانند فارابی و ابوریحان بیرونی مقایسه کنید. آنها با تمام آثار مهم خارجی آشنایی داشتند و ایده‌های جدیدی را هم به فلسفه و علم اضافه کردند، ولی دانشمندان ایران صفوی فاقد این ویژگی هستند. آن اعتلای علمی سابق از بین رفته بود .
برخی از خاورشناسان می‌گویند که این روند نزولی پس از سقوط بغداد به‌دست مغول‌ها آغاز شد؛ از آن زمان علمای سنی باب اجتهاد را بستند و بالطبع جوامع آنها نتوانستند با تحولات علمی سازگار شوند و پیش بروند. گرچه من مطمئن نیستم که این دیدگاه چندان درست باشد، اما ایران آن زمان هم نتوانست راهی به جهان بیرون باز کند. مثلا روابط فرهنگی و علمی ایران نه فقط با هلندی‌ها تقریبا هیچ بود، بلکه آنها با فرانسوی‌ها و انگلیسی‌ها هم مراوده‌ای از این نظر نداشت. هر چند که استادان زبان‌های شرقی در دانشگاه لایدن هلند مجموعه‌ای از نسخ خطی فارسی را تهیه کردند یا یک تاجر هلندی تحصیل‌کرده کتابی به زبان لاتین نوشت که برای نخستین‌بار در آن سده‌ها ایران را به عنوان یک کشور و فرهنگ مورد بررسی قرار می‌دهد و ویژگی‌هایش را شرح می‌دهد، از استان مکران گرفته تا سیستان، کرمان و خراسان. به‌نوعی در هلند این اشتیاق برای شناخت کشورها و فرهنگ‌های دیگر وجود داشت، ولی در ایران چنین نبود.
