گروه فرقان به هدف خود رسیده بود، استاد مرتضی مطهری را که مغز متفکری برای پیشبرد اهداف انقلاب اسلامی و هدایت جوانان این مرز و بوم بود به شهادت رسانده بود، خبر باید به امام می‌رسید، اما چه کسی بهتر از مرحوم حجت الاسلام و المسلمین سید احمد خمینی، فرزند ایشان که با روحیات پدر بهتر از هر شخص دیگری آشنایی داشت و همواره، چون یاوری در کنار ایشان بود و همه امور را رتق و فتق می‌کرد. همه حساسیت امام نسبت به استاد را می‌دانستند و حالا این ماموریت سخت به دوش سید احمد آقا افتاده بود. روایت ایشان را با هم می‌خوانیم.
به گزارش تابناک به نقل از جماران، اواخر شب بود، کسی آمد به من گفت: دم در با شما کار دارند. من از اتاق بیرون آمدم، معلوم شد، چون پیش امام بودم، نمی خواستند بگویند چه کسی با تو کار دارد، می خواستند امام متوجه نشوند. بیرون از اتاق آقای اشراقی بودند که به من گفتند: میدانی قصه چیست؟ گفتم: نه، گفتند: آقای مطهری را به شهادت رسانده اند. گفتم: کی گفته، قصه چیست؟ اصلاً باور نکردم چنین چیزی باشد.
بلافاصله از آنجا بیرون آمدیم و من به دو تا از پاسدار‌ها گفتم که اینجا مواظب باشید کسی نرود پیش آقا و بی مقدمه خبر را به آقا بگوید. آقا هم موقع خوابشان بود و داشتند برای خواب مهیا می شدند. ما سریع آمدیم دفتر و با تهران تماس گرفتیم. در ذهنم می آید که با آقای هاشمی تماس گرفتیم، شاید هم با مرحوم بهشتی. آنها گفتند که بله ایشان منزل آقای سحابی بوده و در راه با اسلحه زده‌اند و ایشان هم شهید شده است. من بلافاصله برگشتم، گفتم خوب اول کاری که می کنیم رادیوی امام را از پیش ایشان برمی داریم، تا صبح یک مرتبه رادیو را باز نکنند و این خبر را بشنوند. آن موقع هم اینجور نبود که ما در واحد خبر آشنایی داشته باشیم و بگوییم حالا نیم ساعت دیگر خبر را بگویید. این حرف ها نبود. اصلاً شاید اگر آنها موضوع را می فهمیدند، احتمال داشت بدجنسی کنند و یک جوری خبر را زودتر بگویند. من آمدم رادیو را از پیش آقا برداشتم. رادیو روی یک میز کوچک، پهلوی تختی بود که آقا روی آن خوابیده بودند و من به آرامی و آهسته رفتم پیش آقا و رادیو را برداشتم. ایشان صبح که بلند شده بودند، دیده بودند رادیو نیست، فکر کرده بودند شاید رادیو را در اتاق دیگر جا گذاشته اند. به اتاق دیگر رفته بودند و دیده بودند آنجا هم نیست و فهمیده بودند که رادیویشان را کسی برداشته. به خواهر من گفته بودند که چه خبر است؟
خواهر ما هم به گونه‌ای با آقا روبه رو شده بود که اصلاً جذب آقا شده بود و خبر را یک مرتبه داده و گفته بود: مثل اینکه آقای مطهری را شهید کرده اند و بلافاصله آمد پیش من و گفت: مسئله را اینجور به آقا گفتم. گفتم به این زودی گفتی؟ گفت: نتوانستم چیز دیگری به امام بگویم. من رفتم دیدم آقا ایستاده‌اند و محاسنشان را با حالتی خاص و غمناک در دست گرفته بودند، من تا در را باز کردم، ایشان بی اختیار گفتند: آقای مطهری را کشتند، آقای مطهری را کشتند. من گفتم: این قضایا که برای همه هست و شما ناراحت نباشید. اما به هر حال روی آن علاقه ای که امام به ایشان داشتند، نمی توانستند با قضیه عادی برخورد کنند. در این همه قضایایی که نظیر بمبگذاری‌ها و شهادت‌های دوستان امام و پیرمرد‌هایی که با امام از قبل سابقه داشتند، اتفاق افتاد، من ندیدم امام مانند شهادت آقای مطهری ناراحت شده باشند. حتی در مورد انفجار حزب هم این طور نبود. البته این را هم باید بدانید که، چون اولین شهادت بود، سختتر بود و امام خودشان را بعداً مهیا کرده بودند. ولی امام حسابی متأثر شدند. یعنی من می دیدم که وقتی نشسته بودند یا بلند می شدند یا می خواستند کاری بکنند، همه اش توی خودشان بودند و شاید یک ساعت بعد از آن بود که رفتند آن پیام را برای آقای مطهری نوشتند. (مصلح بیدار؛ ج ۲، ص ۲۹۴ -۲۹۵)
متن پیام امام در شهادت استاد مطهری که در یازدهم اردیبهشت ماه سال ۵۸ مطابق با چهارم جمادی الثانی ۱۳۹۹ خطاب به ملت ایران و در بیان منزلت علمی و شخصیت استاد است به شرح زیر آمده:
"بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
اینجانب به اسلام و اولیای عظیم الشأن آن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ایران ضایعۀ أسف انگیز شهید بزرگوار و متفکر و فیلسوف و فقیه عالی مقام مرحوم آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ قدس سره ـ را تسلیت و تبریک عرض می‌کنم. تسلیت در شهادت شخصیتی که عمر شریف و ارزندۀ خود را در راه اهداف مقدس اسلام صرف کرد و با کجروی‌ها و انحرافات مبارزۀ سرسختانه کرد، تسلیت در شهادت مردی که در اسلام شناسی و فنون مختلفۀ اسلام و قرآن کریم کم نظیر بود. من فرزند بسیار عزیزی را از دست دادم و در سوگ او نشستم که از شخصیت‌هایی بود که حاصل عمرم محسوب می شد. در اسلام عزیز با شهادت این فرزند برومند و عالِم جاودان ثُلمه‌ای وارد شد که هیچ چیز جایگزین آن نیست؛ و تبریک در داشتن این شخصیت‌های فداکار که در زندگی و پس از آن با جلوۀ خود نورافشانی کرده و می‌کنند. من در تربیت چنین فرزندانی که با شعاع فروزان خود مردگان را حیات می‌بخشند و به ظلمت‌ها نور می‌افشانند، به اسلام بزرگ، مربی انسان‌ها و به امت اسلامی تبریک می‌گویم. من گرچه فرزند عزیزی را که پارۀ تنم بود از دست دادم لکن مفتخرم که چنین فرزندان فداکاری در اسلام وجود داشت و دارد. مطهری که در طهارت روح و قوّت ایمان و قدرت بیان کم نظیر بود، رفت و به ملأ اعلی پیوست، لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفی اش نمی‌رود.
تروریست‌ها نمی‌توانند شخصیت انسانی مردان اسلام را ترور کنند. آنان بدانند که به خواست خدای توانا ملت ما با رفتن اشخاص بزرگ در مبارزه علیه فساد و استبداد و استعمار مصممتر می‌شوند. ملت ما راه خود را یافته و در قطع ریشه‌های گندیدۀ رژیم سابق و طرفداران منحوس آن از پای نمی‌نشیند. اسلام عزیز با فداکاری و فدایی دادن عزیزان رشد نمود. برنامۀ اسلام از عصر وحی تاکنون بر شهادت توأم با شهامت بوده. قتال در راه خدا و راه مستضعفین در رأس برنامه‌های اسلام است. مَا لَکُم لاتُقاتِلونَ فِی سَبیلِ الله ِ وَالمُستَضعَفینَ مِنَ الرّجالِ وَالنّساءِ وَالولدانِ. [۱]
اینان که شکست و مرگ خود را لمس نموده و با این رفتار غیرانسانی می‌خواهند انتقام بگیرند یا به خیال خام خود مجاهدین در اسلام را بترسانند، بد گمان کرده‌اند. از هر موی شهیدی از ما و از هر قطرۀ خونی که به زمین می‌ریزد، انسان‌های مصمم و مبارزی به وجود می‌آید. شما مگر تمام افراد ملت شجاع را ترور کنید والاّ ترور فرد هر چه بزرگ باشد، برای اعادۀ چپاولگری سودی ندارد. ملتی که با اعتماد به خدای بزرگ و برای احیای اسلام بپا خاسته با این تلاش‌های مذبوحانه عقبگرد نمی‌کند. ما برای فداکاری حاضر و برای شهادت در راه خدا مهیا هستیم.
اینجانب روز پنجشنبه سیزده اردیبهشت ۵۸ را برای بزرگداشت شخصیتی فداکار و مجاهد در راه اسلام و ملت، عزای عمومی اعلام می‌کنم و خودم در مدرسۀ فیضیه روز پنجشنبه و جمعه به سوگ می‌نشینم. از خداوند متعال برای آن فرزند عزیز اسلام رحمت و غفران و برای اسلام عزیز عظمت و عزت مسئلت می‌نمایم. سلام بر شهدای راه حق و آزادی.
روح الله الموسوی الخمینی" (صحیفه امام؛ ج ۷، ص ۱۷۸-۱۷۹)
۱ ـ سورۀ نساء، آیه ۷۵؛ «چرا در راه خدا و به خاطر مردان و زنان و کودکان ناتوان نمی‌جنگید؟»
