نامه نیوز -  رحمانی فضلی درباره دلیل برکناری‌اش از دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی اظهار داشت: وقتی آقای لاریجانی رفتند، من برخلاف سایر معاونان که با آقای لاریجانی کنار رفتند، به دلیل دو مأموریت محول شده از سوی دفتر مقام معظم رهبری در این شورا باقی ماندم. بعد از مدتی، زمانی که مأموریت‌ها به پایان رسید، به آقای جلیلی گفتم: مأموریت‌هایی که به من سپرده شده بود، تمام شده. اگر اجازه دهید ما مرخص شویم. ایشان با شوخی گفتند: در را نشانت بدهم که از کجا بروی؟ من هم گفتم: نه، من دو سال است که اینجا هستم و همه درها را بلدم!