آلمیدا در سال ۱۴۵۰ در لیسبون به‌دنیا آمد و از سنین پایین به نظامی‌گری روی آورد. در ۱۴۷۶ در نبرد تورو شرکت کرد و در بخش‌های مختلف مراکش جنگید. در ۱۴۹۲ در سپاه کاستیلی‌ها حضور یافت و در فتح غرناطه نقش ایفا کرد.
در ۱۵۰۵ مانوئل یکم پادشاه پرتغال وی را به‌عنوان نایب‌السلطنه هند پرتغال گماشت و او در مارس همان سال با ۲۲ کشتی و ۱۵۰۰ سرباز بندر لیسبون را ترک کرد. هدف از این ماموریت تثبیت سلطه پرتغال بر تجارت ادویه‌جات، ساخت قلعه‌های نظامی در امتداد سواحل شرق آفریقا و هند و اتحاد با قبایل محلی و... بود. آلمیدا با دور‌زدن دماغه امیدنیک وارد آب‌های سوفادا و جزیره موزامبیک شد و با گماشتن ۸۰ سرباز دستور به ساخت یک دژ نظامی در آن ناحیه را صادر کرد. در ۱۵۰۵ ناوگان پرتغال به سمت شمال پیشروی کرد و نواحی ساحلی کیلوا، باراوا و مومباسا را-که شهری با جمعیت ۱۰هزار‌نفری بود-تخریب کرد. شهر اخیر طی نبردی سنگین با قبایل محلی عرب به اشغال درآمد.
در سپتامبر ۱۵۰۵ فرانسیسکو دی‌آلمیدا وارد آب‌های ساحلی غرب هند شد و در جزیره آنجدیوا شروع به ساخت قلعه کرد. در اکتبر همان سال آلمیدا دستور ساخت قلعه سنت‌آنگلو‌فورت در کانانور را صادر کرد. در اواخر اکتبر آلمیدا با ۸ کشتی باقی‌مانده به کوچین رسید و متوجه شد که بازرگانان پرتغالی در کوئیلون کشته شده‌اند. او فرزندش لورنسو را با ۶ کشتی فرستاد و این ناوگان با بی‌رحمی ۲۷ کشتی کالکاتی را در بندر کوئیلون ویران کرد. آلمیدا استحکامات نظامی پرتغال در این ناحیه را تقویت کرد.
در مارس ۱۵۰۹ آلمیدا بدل به نخستین فرد پرتغالی شد که به بمبئی رسید. پیروزی‌های آلمیدا در ناحیه اقیانوس هند منجر به آن شد تا مصری‌ها و عثمانی‌ها آن ناحیه را ترک کنند و پرتغال توانست به مدت بیش از ۱۰۰ سال به شکل انحصاری تجارت در آب‌های هندوستان را در اختیار خود بگیرد. اما در اوایل قرن۱۷ این هژمونی با ورود هلندی‌ها و انگلیسی‌ها به پایان رسید. فرانسیسکو دی‌آلمیدا در حین برگشت به پرتغال در دماغه امیدنیک بیمار شد و در اول مارس ۱۵۱۰ در خلیج تیبل درگذشت.
