پژوهشگاه رویان که در قالب سه پژوهشکده و چند مرکز تخصصی فعالیت می‌کند، رتبه‌های برتر دیگری را در سطح ملّی، بین المللی و واحدهای پژوهشی جهاد دانشگاهی کسب کرده است و بنابر اعلام رتبه‌بندی اس آی آر (SIR) پژوهشگاه رویان در رتبه 8 کشور و ۵۵۵‌ جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد پژوهشگاه رویان در بعد نوآورانه است که بعد نوآوری شامل پروانه ثبت اختراع، تأثیر فناورانه و دانش نوآورانه است.

همچنین پایگاه اطلاعات علمی جهاددانشگاهی (SID) اعلام کرد؛ پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان در رتبه ششم کشور و ۵۳۶‌ جهان با بهترین عملکرد در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه اول خاورمیانه قرار گرفته است. همچنین پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان بهترین عملکرد را در میان سازمان‌های جهاددانشگاهی داشته است.

پژوهشکده تولید مثل پژوهشگاه رویان نیز در رتبه ۲۷‌ کشور و ۶۵۳‌ جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد این پژوهشکده نیز در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه دوم خاورمیانه قرار گرفته است.