چهار پسر آیتالله شهید سیدعلی خامنهای شامل سید مجتبی، سید مصطفی، سید مسعود و سید میثم، هر یک با یکی از خانوادههای شناختهشده کشور وصلت کردند. آیت الله سید مجتبی خامنهای با شهیده زهرا حدادعادل، دختر غلامعلی حدادعادل، ازدواج کرده بود. سید مصطفی خامنهای نیز داماد آیتالله عزیزالله خوشوقت، از استادان برجسته حوزه علمیه، است.
سید میثم خامنهای با دختر محمود لولاچیان، از بازاریان شناختهشده و مذهبی تهران، ازدواج کرده و سید مسعود خامنهای نیز همسر سوسن خرازی، دختر آیتالله محسن خرازی، از استادان حوزه علمیه قم، است. آیتالله محسن خرازی برادر کمال خرازی، وزیر پیشین امور خارجه، و عموی سیدمحمدصادق خرازی، دیپلمات و سیاستمدار ایرانی، به شمار میرود.
