پس از به قدرت رسیدن طالبان، موزه مقاومت هرات حفظ شد، اما تمامی آثار آن مطابق با ممنوعیت نمایش موجودات زنده تغییر کرد. به صورتی که هم اکنون تمامی چهره‌ انسان‌ها و حتی حیوانات از آثار موزه حذف شده‌اند. موزه مقاومت هرات که به موزه جهاد نیز شناخته می‌شود و به مبارزه افغان‌ها علیه تهاجم شوروی اختصاص دارد، پس از مدتی تعطیلی و اعمال تغییرات گسترده طالبان بار دیگر بازگشایی شد. موزه مقاومت هرات به مجاهدینی اختصاص دارد که در دهه 1980 میلادی در برابر نیروهای شوروی ایستادگی کردند. در ماه مارس 1979، در شهر هرات تجمعی علیه رهبری طرفدار شوروی شکل گرفت که نقطه آغاز مقاومت سازمان‌یافته در افغانستان به‌شمار می‌رود و مسیر مبارزه علیه اشغال شوروی را شکل داد. این موزه در سال 2010 میلادی ساخته شد و به سرعت به یک نماد شهری تبدیل شد. ساختمان آبی و سفید موزه روی یک تپه‌ قرار دارد و اطراف آن را درختان فرا گرفته‌اند. در حیاط موزه، تجهیزات غنیمت گرفته شده از دشمن و دیواری با نام مجاهدین کشته شده به نمایش گذاشته شده‌اند. در فضای داخلی، مجموعه‌ای از سلاح‌ها همراه با یک ماکت سه بعدی بزرگ وجود دارد که ساکنان یک روستای افغان را در حال مقابله با نیروهای شوروی به تصویر می‌کشد. سرایدار مشهور این موزه یک سرباز سابق شوروی به نام باقرالدین خاکیموف بود که در سال 1985 میلادی در حالیکه زخمی شده بود، توسط مجاهدین اسیر شد و آن‌ها او را نجات دادند. او خشمگین از اینکه هم‌میهنانش حتی تلاش نکرده بودند او را پیدا کنند، در افغانستان ماند، مسلمان شد و نام خود را تغییر داد. پس از آن، او به صفوف مجاهدین پیوست و بعدها نیز در جریان جنگ‌های داخلی افغانستان در دهه 1990 فعالانه حضور داشت. پس از به قدرت رسیدن طالبان، این موزه حفظ شد، اما تمامی آثار آن مطابق با ممنوعیت نمایش موجودات زنده تغییر کرد. به صورتی که هم اکنون تمامی چهره‌ انسان‌ها و حتی حیوانات از آثار موزه حذف شده‌اند. تالار مشاهیر موزه، جایی که پرتره ده‌ها رهبر مجاهدین را به نمایش می‌گذاشت و داستان مبارزه آن‌ها با شوروی و سپس درگیری‌های داخلی را روایت می‌کرد، به‌طور کامل از موزه حذف شده است. زنان نیز به جز موارد بسیار نادر، دیگر اجازه ورود به موزه را ندارند.