اگرچه استقلال همراه با امیر قلعه‌نویی چهاردهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر را خوب استارت زد ولی در پاییز سال ۹۳ کم‌کم مشکلات نمایان شد و سرمربی تیم مورد انتقاد قرار گرفت.
در اول آبان ۱۳۹۳ استقلال مهمان پدیده مشهد شد و مسابقه با نتیجه مساوی یک بر یک به پایان رسید. این دیدار به لحاظ فنی بحث خاصی نداشت ولی اتفاقات حاشیه‌ای عجیب و غریبی در خلال آن به وقوع پیوست.
در یکی از لحظات حساس بازی، سجاد شهباززاده مهاجم استقلال با یکی از مدافعان حریف سر به سر شد و ابروی او شکافته شد. پزشک تیم استقلال بلافاصله وارد زمین شد و پس از مداوای اولیه سجاد در کنار زمین، تاکید کرده شهباززاده نباید داخل میدان بماند چون به لحاظ پزشکی برایش مضر است اما امیر قلعه‌نویی قاطعانه با این قضیه مخالفت کرد و تاکید داشت وقتی سجاد خودش معتقد است که می‌تواند داخل زمین حضور داشته باشد، احتیاجی به تعویض او نیست.
کار میان طرفین بالا گرفت و نیمکت‌نشینان استقلال به وضوح شاهد جدال لفظی سرمربی و پزشک تیم خودشان بودند به طوری که برای لحظاتی اصلا بازی را فراموش کردند! امیر قلعه‌نویی در پاسخ به اعتراض شدید پزشک استقلال که می‌گفت سجاد شهباززاده باید تعویض شود، با عصبانیت گفت: شما اجازه نداری در مسائل فنی تیم من دخالت کنی. شما به کارهای پزشکی خودت برس و وارد امور تاکتیکی استقلال نشو. این ماجرا فقط به من و دستیارانم مربوط است نه به فرد دیگری!
خلاصه ماجرا فیصله یافت ولی کاملا معلوم بود که طرفین از یکدیگر بابت اتفاقی که اول آبان ۱۳۹۳ رخ داد، ناراحت شده‌اند.
بیشتر بخوانید: مسافر مشهور استقلال چه روزی به تهران می‌آید؟
