جواد نکونام بهار سال ۱۳۹۵ اوقات پایانی فوتبال خودش را در قطر سپری می‌کرد و البته از پیگیری شرایط استقلال هم غافل نبود.
کاپیتان اسبق تیم ملی پنجم اردیبهشت سال ۹۵ در گفت‌وگو با خبرورزشی ضمن ابراز ناراحتی از شکست سنگین استقلال مقابل پرسپولیس در دربی پایتخت، به گلایه گروهی از هواداران این تیم پیرامون عدم حضورش در استقلال و قدرت راهبری او برای حل مشکلات آبی‌پوشان در صورت ماندن در استقلال اشاره کرد و گفت: من واقعاً استقلال را دوست داشتم و هنوز هم دارم. باور کنید اصلاً فکر نمی‌کردم استقلال دربی را این‌طوری ببازد و خیلی ناراحت شدم.
هواداران آبی همیشه به من لطف دارند اما باید این توضیح را هم بدهم که گاهی اوقات همه چیز دست خود آدم نیست. دوست داشتم در استقلال بمانم اما برخی مسائل از اختیار فرد خارج است. استقلال را دوست داشتم و به خاطر این تیم، حضور در لالیگا را ول کردم. البته تمام طرفداران عزیز استقلال باید بدانند که این تیم چه با جواد نکونام و چه بدون او همواره بزرگ است.
