این دانشگاه در یکی از بهترین مکانهای کربلا با فاصله حدود ۳ کیلومتر با حرم مطهر حضرت سیدالشهدا (ع) در فاز اول در زمینی به مساحت ۷ هکتار در ۵ طبقه احداث شده که شامل سه دانشکده پزشکی، «پرستاری و مامایی» و «توانبخشی و فیزیوتراپی» است و در فاز دوم و فاز توسعه، دو دانشکده مستقل برای پرستاری و مامایی و توانبخشی و فیزیوتراپی طراحی شده است.
دانشگاه سبطین با شعار Health Promoting University - دانشگاه ارتقا دهنده سلامت – با بهره مندی از بهترین فنّاوریهای هوشمند در آموزش علوم پزشکی شامل آزمایشگاه های آناتومی، آناتومی مجازی، مهارت، پاتولوژی، میکروبیولوژی، فارماکولوژی، فیزیولوژی، بیوشیمی، موزه مولاژهای آموزشی، آزمایشگاه کامپیوتر و آزمایشگاه حیوانات همراه با کلاس های درس عمومی و اتاق های بحث، اتاق های اداری و خدمات عمومی و بهداشت و کتابخانه بسیار مجهز است جایی که همه نیازهای آموزشی در آن دیده شده است.