امیر قلعه‌نویی اواخر خرداد سال ۹۱ به استقلال بازگشت تا هدایت این تیم برای لیگ دوازدهم را بر عهده بگیرد. او بلافاصله پس از بازگشت روی این نکته تاکید کرد که فرهاد مجیدی در پازل تاکتیکی مدنظرش قرار ندارد.
پس از شروع لیگ دوازدهم، هواداران استقلال در ورزشگاه نام فرهاد را بر زبان می‌آوردند و این ماجرا روی قلعه‌نویی فشار روانی می‌آورد اما مجیدی هشتم مهر ۱۳۹۱ با انتشار نامه‌ای مدعی خداحافظی از فوتبال شد. نامه‌ای که نکات بسیار زیادی در آن نهفته بود و بد نیست دوباره به خلاصه آن نگاه کنیم:
- بازیکن و کاپیتان استقلال بودن افتخاری است که برای فرهاد مجیدی فراموش‌شدنی نیست. من پیراهن شماره ۷ استقلال را پوشیدم که در گذشته بر تن تکنیکی‌ترین بازیکن آسیا یعنی مجید نامجومطلق بود.
- از دست دادن ناصر حجازی اسطوره فراموش‌نشدنی استقلال اتفاق بسیار تلخی برای من و هواداران بود.
- با لطف خدا، حمایت هواداران و نام بزرگ استقلال به آرزوهای مادی و معنوی خویش رسیده‌ام و مانند آقایانی که همواره با خودخواهی استقلال را مدیون خود می‌دانند و در نبود خودشان، ذلت این تیم را آرزو می‌کنند، فکر نمی‌کنم. هر کجا باشم، برای سربلندی استقلال تلاش خواهم کرد.
- بر حسب صبر و تعصب تا امروز سکوت کردم و حرفی نزدم تا آرامش تیم بر هم نخورد اما وقتی می‌شنوم آقایان عامل ناکامی استقلال را تشویق فرهاد مجیدی توسط هواداران می‌دانند، واقعا برایم تاسف‌آور است به همین خاطر برخلاف میل باطنی خودم، از فوتبال خداحافظی می‌کنم.
- هیچ وقت خودم را از استقلال جدا نمی‌دانم و همیشه برای موفقیت این تیم دعا می‌کنم.
توضیح خبرورزشی: فرهاد مجیدی با وجود انتشار چنین نامه‌ای، چندی بعد اختلافاتش را با امیر قلعه‌نویی در آن مقطع حل کرد و از نیم‌فصل دوم لیگ دوازدهم دوباره برای استقلال به میدان رفت!
