همچنین پس از مرحله اولیه ثبت‌نام، امکان اضافه کردن افراد جدید به طرح به راحتی فراهم نشد و مشکلاتی در زمینه انتقال سهام به وراث نیز به چشم خورد. این مسائل، اگرچه در قوانین و سیاست‌ها پیش‌بینی شده بود، اما در اجرا چالش‌هایی جدی به‌وجود آورد که برخی آن را مصداق ناعدالتی می‌دانند.
در بخش دیگری از این پروژه، شرکت‌های استانی که محل سرمایه‌گذاری سهام عدالت بودند، قرار بود خصوصی شده و به سوددهی برسند. اما گزارش‌ها حاکی است که بسیاری از این شرکت‌ها با بازگشت به مالکیت دولتی یا عملکرد ضعیف روبه‌رو شدند و نتوانستند انتظار سهامداران را برآورده کنند. این ناکامی نشان می‌دهد بدون وجود بازار کارا و شفاف، صرفا تغییر مالکیت روی کاغذ اتفاق افتاده و بهره‌وری واقعی حاصل نشده است.
سال ۱۳۹۹ یکی از پیچیده‌ترین مقاطع سهام عدالت بود، زمانی که وعده آزادسازی این سهام و امکان فروش آنها مطرح شد. این اتفاق اما، برخلاف انتظار، به یکی از عوامل ریزش تاریخی بورس تبدیل شد. مشکلات فروش سهام، معاملات بلوکی و بسته شدن بازار، نمونه‌ای دیگر از چالش‌های این طرح بودند که در ذهن سهامداران باقی ماندند. اکنون درحالی‌که بورس شرایط شکننده‌ای دارد و شاخص کل نزدیک به از دست دادن سطح حساس ۲.۵میلیون واحد است، انتشار خبر تدوین مدل نهایی آزادسازی سهام عدالت سوالات مهمی را پیش روی سیاستگذاران و سهامداران قرار داده است. آزادسازی سهام عدالت به معنی امکان خرید و فروش آزاد آنهاست اما در بازاری که بی‌ثباتی آن مشهود است، این کار می‌تواند تبعات اقتصادی منفی داشته باشد.
از سوی دیگر، پرداخت سود سهام عدالت نیز هنوز با تاخیر و نوسان همراه است. اگرچه بخشی از سود سال مالی گذشته به حساب سهامداران واریز شده، بخش دیگر هنوز پرداخت نشده و وعده شده تا اواسط شهریور سال جاری تسویه شود. این تاخیر می‌تواند فشار مالی قابل‌توجهی بر سهامداران خرد وارد کند.
در نهایت، پرسش اصلی این است که آیا آزادسازی سهام عدالت در شرایط فعلی بازار سرمایه و بدون اصلاحات بنیادین در ساختار آن، می‌تواند گامی مثبت در جهت تحقق عدالت اقتصادی باشد یا بار دیگر به عاملی برای تشدید چالش‌ها و نارضایتی‌ها بدل خواهد شد؟ بدون شک، تحقق اهداف اولیه سهام عدالت نیازمند برنامه‌ریزی دقیق، شفافیت و ایجاد بازار کارا است تا این بار عدالت واقعی میان مردم به ثمر بنشیند.
