عامل دیگر، ضعف در برنامه‌ریزی و مدیریت پروژه‌های مهم حوزه مسکن است. بسیاری از این طرح‌ها بدون مطالعه کافی از توان اقتصادی و زیرساختی مناطق آغاز شده و حالا در میانه راه به دلیل نبود امکاناتی مانند آب، برق و گاز معطل مانده‌اند. گاهی حتی ساختمان‌ها در آستانه تکمیل هستند، اما به دلیل آماده نبودن زیرساخت‌های شهری و خدمات عمومی، امکان تحویل به متقاضیان وجود ندارد.
نوسانات بازار و سیاست‌های متغیر اقتصادی نیز فشار مضاعفی بر روند کار وارد کرده است. تغییر در نرخ ارز و سیاست‌های واردات و صادرات، هزینه تجهیزات و مصالح را بالا برده و موجب توقف یا کندی کار در بسیاری از پروژه‌ها شده است. از سوی دیگر، نبود ثبات در سیاست‌های مسکن و تغییر پی‌درپی طرح‌ها و مقررات، باعث بلاتکلیفی فعالان این حوزه و تأخیر در تکمیل واحدها شده است.
مسئله حقوقی و مالکیت زمین نیز در برخی پروژه‌ها گره‌ای جدی ایجاد کرده است. در بعضی طرح‌ها، اختلافات میان دستگاه‌های دولتی، شهرداری‌ها و پیمانکاران یا حتی اعتراضات مالکان زمین موجب توقف عملیات اجرایی شده است. این اختلافات که گاه سال‌ها طول می‌کشد، بسیاری از پروژه‌ها را نیمه‌کاره رها کرده و سرمایه‌های عظیم را بلااستفاده گذاشته است.
در نهایت، تأخیر در تحویل واحدهای مسکنی، نه‌تنها باعث سرخوردگی و بی‌اعتمادی متقاضیان شده، بلکه فشار روانی و مالی شدیدی نیز بر آنان وارد کرده است. بسیاری از خانوارها که برای خانه‌دار شدن به این طرح‌ها امید بسته بودند، مجبور شده‌اند با هزینه‌های سنگین اجاره‌نشینی یا وام‌های بلندمدت دست و پنجه نرم کنند. ادامه این روند می‌تواند اهداف اصلی پروژه‌های مسکنی را زیر سؤال ببرد و بحران مسکن را تشدید کند.
پیمانکاران مسکن شهرهای جدید از بی‌توجهی برخی شرکت‌های عمران شکایت می‌کنند، در حالی که معاون وزیر راه و شهرسازی از تسریع در فروش املاک برای پرداخت بدهی‌های معوق خبر داده است.
شهرام ملکی، مدیرعامل شرکت عمران شهرهای جدید، با اشاره به وضعیت نامطلوب درآمدی این شهرها، تأکید کرد که تمام شهرهای جدید باید به سرعت اقدام به شناسایی املاک و اراضی قابل عرضه یا دارای پتانسیل جذب سرمایه‌گذاری کنند. وی همچنین بر ضرورت اولویت‌دهی به تعیین سرنوشت پروژه‌های مشارکتی و عرصه مسکن مهر تأکید نمود و افزود: درآمدهای حاصله نخستین باید صرف تسویه بدهی‌ها به پیمانکاران شود.
وی افزود: از مدیران شرکت‌های تابعه انتظار داریم از طریق تغییر کاربری، مولدسازی، تهاتر یا هر روش قانونی دیگر برای تحقق بودجه خود اقدام کرده و گزارش عملکرد را حداکثر تا پایان ماه آتی به ستاد ارسال کنند.
مدیرعامل شرکت عمران شهرهای جدید با تأکید بر ضرورت تسریع در پرداخت مطالبات پیمانکاران بیان کرد: تعیین تکلیف مطالبات پیمانکاران و تزریق منابع به پروژه‌های اجرایی باید به صورت مستمر دنبال شود تا روند اجرا پروژه‌ها سرعت یابد.
دو روز پیش حاجی‌اصغری یکی از پیمانکاران مسکن شهر جدید پردیس، ضمن اشاره به تلاش بانک مسکن برای تأمین منابع مالی پروژه‌ها، از بلوکه شدن حساب خود به دلیل مشکلات مربوط به چند واحد معوق خبر داد.
وی گفت: با وجود تأمین مالی اکثر پروژه‌های نهضت ملی، مشکل اصلی ما در پردیس به خاطر هفت واحد باقیمانده است که حساب ما به همین دلیل بلوکه شده و پروژه در لیست سیاه قرار گرفته است.
وی ادامه داد: تاکنون ۲۰۰۰ واحد را در فاز هشت پردیس تحویل داده‌ایم، اما به دلیل ۷ واحد معوق مسکن مهر که مالکان آن‌ها به دلایل مختلف برای فروش اقساطی مراجعه نکرده‌اند، گرفتار شده‌ایم و روند ساخت سایر پروژه‌ها متوقف شده است.
یکی دیگر از پیمانکاران نیز ضمن تأیید این مشکلات افزود: برخی متقاضیان یا مالکان، حتی دلالان، فروش اقساطی واحدها را انجام نداده‌اند. ما به عنوان سازنده تعهدات سه‌جانبه خود را انجام داده‌ایم و انتظار داریم نهادهای اجرایی حساب مالکان یا نفر اول را سریع ببندند تا مشکلات رفع شده و پرونده‌ها در مراحل بعدی پیگیری شود.
وضعیت درآمدی نامناسب شهرهای جدید، مشکلات تأمین منابع مالی و عدم تسویه طلب پیمانکاران به چالشی جدی تبدیل شده که اجرا پروژه‌های باقیمانده مسکن مهر و نهضت ملی را با خطر توقف مواجه کرده است.
