علاوه بر آن طراحی پنجمین ضریح حرم امام رضا علیه السلام و طراح ضریح جدید مقبره سیدالشهدا علیه‌السلام در کربلا از جمله مهم‌ترین کارهای این هنرمند پیشکسوت بوده است. طراح ضریح جدید مقبره سیدالشهدا علیه‌السلام با مهارت استادان طلاکار و نقره کار ایران به اجرا درآمده و در سال ۱۳۹۱ در قم رونمایی و سپس به کشور عراق منتقل شد.
یکی از معروف‌ترین آثار استاد فرشچیان تابلوی «شمس و مولانا» است. این تابلو در تابستان ۱۳۸۶رونمایی شد و در این اثر از شعر معروف «از دیو و دد ملولم و انسانم آرزوست» مولوی الهام گرفته شده است و با استفاده از رنگهای آبی و سفید حالت روحانی و کشش مولوی به شمس را استادانه نشان داده‌اند که بیانگر رابطه عرفانی میان مولانا و شمس است.
در این اثر سر شمس در بین خطوط منحنی به تصویر کشیده شده که هم تداعی خورشید است و هم نشانگر این است که سر شمس در بر گرفته همه جهان هستی است،و از آن سو نقش مولانا بر روی کره زمین نقش بسته شده که شمس آن را نگه داشته که بیانگر این است که تمام جهان زیر پای اندیشه و افکار مولاناست.
پیش از خلق تابلوی «ضامن آهو»، مدتی دست راست محمود فرشچیان حالت فلجی پیدا کرده بود، به طوری که نمی‌توانست انگشتانش را حرکت بدهد. او خود در این باره می‌گوید:«پزشکان حاذق و پرآوازه هم تشخیص دادند که به مرور زمان و فشار زیاد عصب‌های دستم به شدت آسیب دیده و به راحتی قابل ترمیم نیست و تاکید کردند هرگز نباید قلم به دست بگیرم و نقاشی کنم.
دلم خیلی شکست که دیگر توان خلق اثر و نقاشی را ندارم، تا اینکه به ذهنم رسید از امام رئوف، حضرت رضا (ع)، درخواست کنم کمکم کنند تا این بیماری علاج شود و همان لحظه نذر کردم که اگر دستم بهبود یافت، ماجرای شفاعت و ضمانت آهو را به تصویر بکشم.» در این تابلو همه خطوط و نقوش تابلو و عناصر آن متوجه امام رضا(ع) است که در سمت راست بالای تابلو در‌هاله‌ای از نور قرار گرفته است.
تابلوی چشم نواز پنجمین روز آفرینش یکی از چند تابلوی نفیس استاد محمود فرشچیان است که بر اساس آیه‌های متعدد قرآن در مورد مراحل شش گانه آفرینش جهان ترسیم شده است. این تابلو به پنجمین روز خلقت که خداوند پرندگان و آبزیان را آفرید اشاره دارد.
در هفت آیه از قرآن مجید عبارت «فی ستة أیام» آمده است؛ به عنوان مثال، در آیه چهارم سوره حدید می‌خوانیم: «هوالذی خلق السموات و الأرض فی ستة أیام ثم استوی علی العرش». در این آیات به طور اختصار، به آفرینش آسمان، زمین و دیگر موجودات توسط خداوند در شش روز (یا شش دوران) پرداخته شده است. در قسمت بالای تابلوی «پنجمین روز آفرینش»، انواع پرندگان گوناگون و رنگارنگ با هم تلفیق و ترکیب شده است.
تابلوی «پناه» مهربانی و یتیم‌نوازی امام علی(ع) سوژه اصلی کار قرار گرفته که چند کودک یتیم را در آغوش گرفته و نوازش می‌کند. این تابلو در 21 رمضان سال 1357ترسیم شده است و به سبک نگارگری و تکنیک اکریلیک روی مقوای ماکت و در ابعاد 73 در 50سانتی متر طراحی شده است.
استاد در این تابلو به دلیل قداست حضرت ایشان را از پشت سر ترسیم کرده و سر حضرت را با دستار و پارچه‌ای پوشانیده است و به دلیل مقام والای آن حضرت در بالاترین قسمت تابلو، سمت راست تابلو تصویرگری شده که نشان مقام عرفانی و تقرب الهی را نشان می‌دهد و در پایین تابلو نان و خرما دیده می‌شود.
این تابلو قسمت دوم تابلوی «ضامن آهو» به حساب می‌اید.در تیرماه سال 89 بخش دوم این تابلو در مجموعه فرهنگی تاریخی سعدآباد رونمایی شد.
این تابلو، قسمت دوم اثر «ضامن آهو» است که کشیدن آن حدود یک سال و چهار ماه زمان برد و استاد آن را به موزه آستان قدس رضوی هدیه داد. این تابلو چند آهو را نشان می‌دهد که از ترس شکارچی به دامان امام رضا(ع) پناه آورده‌اند و شکارچی با دیدن این صحنه و عظمت آن حضرت، کمان خود را می‌شکند و از شکار آنها منصرف می‌شود.
عصر عاشورا مشهورترین اثر تجسمی درباره واقعه عاشوراست. موضوع اثر، بازگشت اسب بی‌سوار به سوی خیمه‌ها، پس از شهادت امام حسین(ع) در عصر عاشورا، و نمایش حزن و اندوه اهل بیت امام در مواجهه با این صحنه است.
تابلو عصر عاشورا در روز عاشورای سال ۱۳۵۵ش خلق شده و در سال ۱۳۶۹ش به موزه آستان قدس رضوی اهدا شد. این تابلو به دلیل قوت هنری و غنای اثر، در کنار مضمون عاشورایی، یکی از آثار الهام‌بخش و محبوب برای شیعیان است. عصر عاشورا بارها مورد استقبال و تحسین هنرمندان و منتقدان داخلی و خارجی قرار گرفته است.
