جواد نکونام در نیمه دوم سال ۱۳۹۲ از استقلال جدا شد و همان زمان شاهد مصاحبه‌های او و امیر قلعه‌نویی سرمربی وقت استقلال علیه یکدیگر بودیم.
نکونام یازدهم مرداد سال ۱۳۹۳ در مصاحبه‌ای اختصاصی و مفصل با خبرورزشی دست به افشاگری زد. بد نیست ماحصل آن گفت‌وگو را دوباره بخوانیم:
- امیر قلعه‌نویی طی زمانی که در استقلال بودم، حتی یک بار هم نگفت من را نمی‌خواهد و حالا برای نخستین مرتبه است که چنین چیزی را از زبان ایشان می‌شنوم. علاقه‌ای به پاسخگویی نسبت به ادعاهای ایشان نداشتم ولی از این به بعد جواب می‌دهم تا خیلی چیزها مشخص شود. اصلا منکر نمی‌شوم که به خاطر قلعه‌نویی به استقلال آمدم و حتما خودش به خاطر دارد که چند بار با من تماس گرفت تا استقلالی شوم.
- یکی از نکات تاریک فوتبالم این است که یک سال و نیم در استقلال شاگرد شما بودم و خیلی دیر این مسائل را فهمیدم. جواد نکونام افتخار می‌کند که شاگردی مربیانی همچون شاهرخی، فرکی، ذوالفقارنسب، یاوری و ابراهیم قاسمپور را کرده نه شما. البته شما حق دارید در مورد من زیاد حرف بزنید چون مقابل فرد بزرگتر از خودتان قرار گرفته‌اید.
- امیر قلعه‌نویی در دوران بازیگری خود حتی به اندازه شماره پیراهن من هم افتخار کسب نکرد.
- چطور شما هر وقت دوست دارید مصاحبه می‌کنید ولی من اگر حرف بزنم ایراد دارد؟ این‌قدر با مردم بازی نکنید.
- اگر جواد نکونام به لحاظ فنی بد بود چرا شما گفتید نکونام بهترین بازیکن آسیاست و حقش را در مراسم afc خوردند؟
- مگر امیر قلعه‌نویی نگفته بود با فتح‌الله‌زاده آمده و با او هم می‌رود؟ پس چطور شد که وقتی علی فتح‌الله‌زاده در بهار سال ۹۳ از استقلال رفت، شما در این تیم باقی ماندید؟
- من ۱۸ ماه در استقلال بودم ولی در همین یک سال و نیم که پیراهن آبی را بر تن کردم، اتفاقاتی را دیدم که طی ۱۵ سال فوتبال ندیده بودم.
