هزینه‌های مالی و اجتماعی مهاجران افغان برای اقتصاد ایران بیش از سود آنان بوده است. افغان‌ها سالانه 1 تا 1.5 میلیارد دلار به افغانستان می‌فرستند و ارز خارجی ایران را هدر می‌دهند. هزینه سالانه دولت ایران به منظور تخصیص یارانه‌ها و خدمات عمومی برای مهاجران افغان از ۸۱۹ میلیون دلار فراتر می‌رود.

بیش از چهار دهه است که مهاجرت افغان‌ها به ایران، بافت اجتماعی پیچیده و در حال تکاملی را شکل داده است. این جامعه از مهاجران عمیقا ناهمگن هستند. اکثریت بزرگی از آنان مسلمانان سنی عمدتا پشتون‌ها و برخی نیز از قوم تاجیک هستند که آداب و رسوم و هنجار‌های اجتماعی شان متفاوت از اکثریت شیعه مذهب جامعه ایران است. از بسیاری جهات، سبک زندگی سنتی، قبیله‌ای و روستایی آنان با قوانین و فضای زندگی شهری ایران همسو نیست.

اقتصاد ایران بر اساس یک سیستم یارانه‌ای گسترده، ناکارآمد و غیرهدفمند ساخته شده که یکی از پرهزینه‌ترین سیستم‌های یارانه‌ای جهان محسوب می‌شود. برای جمعیت مهاجر بزرگ و کم‌درآمدی مانند افغان‌ها، این یک مسئله اجتماعی را به یک معضل مالی تبدیل کرده است. تحلیل ذیل هر مورد اصلی را با استفاده از منابع رسمی ایران و تحقیقات مستقل بررسی می‌کند:

یارانه‌های انرژی: یارانه‌های سوخت و انرژی بزرگترین جزء هستند. کنترل قیمت دولتی و هزینه‌های انرژی پایین‌تر از بازار منجر به هزینه‌های پنهان عظیم برای بنزین، گاز، گازوئیل و برق می‌شود. مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی و بانک جهانی یارانه پنهان انرژی سالانه ایران را تا ۱۲۰۰ تریلیون تومان (۲۸۶ میلیارد دلار) تخمین می‌زنند.

علیرغم آن که مهاجران افغان عمدتا از دهک‌های کم‌درآمد و عموما فاقد خودروی شخصی هستند و کم‌تر از میانگین ایرانیان مصرف می‌کنند همگی از طریق حمل و نقل عمومی و گرمایش از یارانه دولتی بهره‌مند می‌شوند. یارانه سرانه سوخت سالانه برای افغان‌ها حدود ۱۰ تا ۱۳ میلیون تومان است که بسیار کمتر از ۳۰ میلیون تومان برای ایرانیان است. بخش مهاجران افغان فاقد مدرک که عمدتا در بازار کار خاکستری ایران فعالیت می‌کند، فشار مالی بیش تری ایجاد کرده‌اند.

یارانه‌های آموزشی: قانون ایران ایجاب می‌کند که همه کودکان افغان، صرفنظر از آن که خانواده‌هایشان دارا یا فاقد مدرک باشند، در مدارس دولتی ثبت نام شوند. وزارت آموزش و پرورش ایران و مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی، میانگین هزینه سالانه هر دانش‌آموز افغان را حدود ۴.۵ میلیون تومان تخمین می‌زنند. با توجه به حضور حدود ۳۰۰۰۰۰ کودک افغان در مدارس ایران این یک بار مالی قابل توجه و رو به رشد است که برای مهاجران افغان قانونی و فاقد مدرک یکسان است.

علیرغم هزینه‌هایی که ذکر شد، مهاجرت افغان‌ها سود اقتصادی ملموسی ایجاد می‌کند. کارگران افغان با دستمزد پایین‌تر و تقریبا ۱۵ تا ۲۰ درصد بهره‌وری بالاتر نسبت به همتایان ایرانی، سالانه حدود ۸۵۲ میلیون دلار (۷۵۰۰۰ میلیارد تومان) صرفه‌جویی در بخش خصوصی ایجاد می‌کنند.