یکی از اصلی‌ترین محورهای اختلاف، نحوه مدیریت و کنترل مرزهاست. ایران بر تسهیل عبور زائران و کاهش پیچیدگی‌های اداری تأکید دارد، اما برخی موانع و محدودیت‌های اعمال شده از سوی طرف عراقی، باعث کندی روند ورود و خروج زائران شده است. این مسئله باعث تجمع‌های طولانی، سردرگمی و حتی بروز حوادث ناخواسته در برخی گذرگاه‌ها شده که فشار زیادی بر دستگاه‌های اجرایی دو طرف وارد کرده است.
موضوع بعدی، بحث امنیت است که هر دو کشور به آن حساسیت ویژه‌ای دارند. با وجود اینکه عراق میزبان اصلی مراسم است، ایران نیز خواستار تضمین‌های کامل برای حفظ امنیت زائران خود است. اما اختلاف نظرها در مورد نحوه مشارکت نیروهای امنیتی و تقسیم وظایف، گاهی موجب سوءتفاهم و کاهش همکاری‌های عملی می‌شود. این موضوع می‌تواند امنیت زائران را در معرض خطر قرار دهد و نگرانی‌های خانواده‌ها را افزایش دهد.
از سوی دیگر، تفاوت دیدگاه‌ها درباره مدیریت خدمات بهداشتی و درمانی نیز یکی دیگر از نقاط چالش‌برانگیز است. ایران خواهان حضور گسترده‌تر تیم‌های پزشکی خود در داخل خاک عراق برای ارائه خدمات به زائران است، در حالی که دولت عراق با نگرانی‌هایی درباره حاکمیت و کنترل این حوزه، محدودیت‌هایی را اعمال می‌کند. این تضادها موجب شده تا هماهنگی‌ها در بخش امداد و درمان، به ویژه در شرایط اضطراری، به سختی انجام شود.
مسأله لجستیک و حمل‌ونقل نیز یکی دیگر از بخش‌های مورد اختلاف است. با وجود توافقات اولیه برای برقراری پروازها و خطوط حمل‌ونقل جاده‌ای بین دو کشور، ناهماهنگی‌های موجود در اجرای برنامه‌ها باعث اختلال در جابه‌جایی زائران شده است. این مشکلات سبب افزایش خستگی و نارضایتی زائران و حتی کاهش تمایل برخی برای حضور در این مراسم شده است.
علاوه بر این موارد، اختلافات سیاسی و دیپلماتیک میان تهران و بغداد، چه به صورت مستقیم و چه به صورت پشت‌پرده، در روند مذاکرات مربوط به اربعین تأثیرگذار بوده است. گاهی این مسائل فراتر از موضوعات فنی و اجرایی رفته و تبدیل به مانع جدی در پیشبرد همکاری‌های مشترک شده است. در چنین شرایطی، فضای اربعین که نماد وحدت و همبستگی است، با چالش‌هایی جدی مواجه شده است.
با این حال، با وجود تمام این مشکلات، دو کشور همچنان تلاش می‌کنند با رایزنی‌ها و گفتگوهای پشت‌پرده، راهکارهایی برای کاهش اختلافات پیدا کنند تا زائران بتوانند بدون دغدغه و با امنیت کامل مراسم اربعین را برگزار کنند. موفقیت در این مسیر نه تنها به معنای برگزاری هرچه بهتر این گردهمایی عظیم مذهبی است، بلکه پیام روشنی از ظرفیت همکاری و تعامل سازنده میان ایران و عراق به جهان خواهد بود.
مدیرعامل ایران‌ایر با اعلام آغاز پیش‌فروش بلیت‌های پرواز اربعین از ۲۵ تیر گفت: هیچ بدهی به فرودگاه‌های عراق نداریم.
حسین خانلری اظهار کرد: برای مشارکت در عملیات اربعین حسینی، شرکت هواپیمایی جمهوری اسلامی ایران (هما) از ۲۵ تیرماه پیش‌فروش بلیت‌های پرواز اربعین را آغاز کرده و این روند همچنان ادامه دارد.
وی افزود: بر اساس ابلاغ سازمان هواپیمایی کشوری، بازه زمانی فروش بلیت برای پروازهای اربعین از ۱۷ تا ۲۶ مرداد در نظر گرفته شده است. نرخ مصوب نیز پیش‌تر توسط این سازمان اعلام شده و در همان چارچوب عمل می‌کنیم؛ بلیت یک‌طرفه از تهران ۱۳ میلیون تومان و از مشهد مقدس ۱۵ میلیون تومان تعیین شده و هیچ‌گونه افزایش قیمتی در کار نیست.
وی تصریح کرد: به آژانس‌های طرف قرارداد خود نیز تأکید کرده‌ایم که موظف به رعایت نرخ‌های مصوب هستند و با هرگونه تخطی برخورد خواهد شد.
مدیرعامل ایران ایر بیان کرد: برای ایام اربعین مانند ایام حج، فروش بلیت به‌صورت عمومی انجام می‌شود و همه مردم، اعم از زائران مستقل یا کاروانی، می‌توانند با مراجعه به دفاتر فروش یا سامانه‌های رسمی، بلیت خود را تهیه کنند.
خانلری تاکید کرد: برای این ایام، هواپیماهای پهن‌پیکر اختصاص داده‌ایم و برنامه‌ریزی شده تا روزانه ۱۰ پرواز انجام شود. همچنین با توجه به اعلام آمادگی سایر شرکت‌های هواپیمایی، مقرر شده سه پرواز رفت و سه پرواز برگشت (مجموعاً ۶ سکتور پروازی) نیز با مشارکت آن‌ها برقرار شود.
به گفته وی، در صورت تأیید نهایی سازمان هواپیمایی کشوری، احتمال اضافه‌شدن هواپیماهای ایرباس ۳۱۹ و ۳۲۰ به ناوگان پروازی اربعین نیز وجود دارد.
وی یادآوری شد: با این ظرفیت، ایران‌ایر آمادگی دارد بیش از ۵۵ هزار نفر از زائران را در مسیر رفت و برگشت به عتبات عالیات، به‌ویژه نجف اشرف و کربلای معلی، منتقل کند.
مدیرعامل هواپیمایی جمهوری اسلامی ایران اظهار کرد: از نظر مجوزهای پروازی نیز مشکلی وجود ندارد و سازمان هواپیمایی کشورمان مجوزهای لازم را صادر کرده و طرف عراقی نیز همکاری لازم را داشته است.
وی همچنین گفت: برای ارتقاء سطح خدمات، دو نفر از نیروهای بخش گراند هندلینگ (خدمات زمینی) به ایستگاه‌های فعال در عراق اضافه کرده‌ایم تا در خدمت زائران باشند. چنانچه برخی زائران باقیمانده تسویه‌حسابی داشته باشند نیز مشکلی نیست و امکان پرداخت فراهم شده است؛ با این حال، تسویه حساب‌های قبلی نیز انجام شده است.
