به گزارش "ورزش سه"، تابستان 2013 پپ گواردیولا پس از کناره گیری از هدایت بارسا و یک سال استراحت، به عنوان جانشین یوپ هاینکس در بایرن مونیخ انتخاب شد. بایرن با هاینکس فاتح سه گانه شده بود و این بزرگترین مشکل پپ محسوب می شد.

او بین 2013 تا 2016 سرمربی بایرن بود و هرگز نتوانست به فینال لیگ قهرمانان برسد ولی فاتح لیگ و جام حذفی شد.

توماس مولر در مورد دوران گواردیولا به دیلی میل گفت:« یوپ هاینکس بازنشسته شده بود و پپ سعی داشت هر کاری برای موفقیت در بایرن انجام دهد. در واقع ما هیچ فرصتی برای جشن گرفتن قهرمانی های مان در فصل 13-2012 نداشتیم؛ چون پپ در هر تمرین یک لگد به ما می زد تا متوجه باشیم که او قصد دارد در یک لیگ جدید نیز مثل لیگ اسپانیا موفق شود.»

مولر ادامه داد:« پپ به کوچکترین جزئیات توجه داشت و به خوبی تیم حریف را تجزیه و تحلیل می کرد. او برای ما از حریف می گفت و یک برنامه مشخص را نیز تعریف می کرد اما پس از 10 دقیقه، سه یا 4 برنامه تاکتیکی دیگر را نیز تعیین می کرد تا اسیر ضد تاکتیک تیم مقابل نشویم. او معتقد بود تنها یک برنامه هرگز کافی نیست. پپ دقیقا به ما می گفت تا پشت محوطه جریمه را چطور بیاییم و سپس باید خودمان تصمیم می گرفتیم. آرین روبن، ریبری، داگلاس کاستا، مانژوکیچ، من و گوتزه در خط حمله بودیم و پپ همه چیز درون محوطه را به ما واگذار کرده بود.»»

منچسترسیتی مدعی اول قهرمانی لیگ برتر:« نمی دانم پپ الان در سیتی چگونه کار می کند. لیورپول در دو سال گذشته فوق العاده بوده ولی وقتی مربی شما پپ گواردیولاست و تیم باکیفیتی هم دارید، طبیعی است که بار دیگر به جاده قهرمانی برگردید. این کاری است که فصل جاری سیتی انجام داده است.»