ورود این تعداد مهاجر به کشور هزینه‌های هنگفتی در بخش‌های مختلف بر دوش دولت گذاشته است. به عنوان مثال، هزینه تحصیل هر فرد خارجی در ایران حدود ۴۲ میلیون تومان است. با احتساب ۷۱۰ هزار دانش‌آموز و دانشجوی مهاجر، بودجه‌ای معادل ۳۰ همت (هزار میلیارد تومان) برای دولت ایران ایجاد می‌شود. همچنین در سال ۱۴۰۲، حجم یارانه‌های مختلف مانند حامل‌های انرژی، آب، آموزش، نان و کالاهای اساسی برای اتباع خارجی به بیش از ۱۸۵ هزار میلیارد تومان می‌رسد. در برخی سناریوها این رقم تا ۲۴۰ هزار میلیارد تومان افزایش می‌یابد که معادل بیش از ۷ میلیارد دلار یارانه است.
پذیرش مهاجران به ویژه در شرایط اقتصادی سخت ایران مشکلاتی را به همراه دارد. از یک‌سو، منابع محدود کشور مانند آب، برق، گاز و مسکن تحت فشار قرار می‌گیرد و از سوی دیگر، یارانه‌های مختلف مانند یارانه نان، کالاهای اساسی و انرژی به شدت افزایش می‌یابد. به‌طور مثال، یارانه آرد و نان برای اتباع خارجی در سال ۱۴۰۲، معادل ۸.۷ همت (هزار میلیارد تومان) و در سناریوی بدبینانه تا ۱۱.۶ همت می‌رسد. همچنین، یارانه کالاهای اساسی برای مهاجران در این سال حدود ۳۳ تا ۴۳ همت برآورد شده است.
ورود مهاجران غیرمجاز به بازار کار ایران، باعث از دست رفتن درآمدهای مالیاتی و حق بیمه از سوی دولت شده است. بررسی‌ها نشان می‌دهد که در سال ۱۴۰۲ دولت ایران حدود ۶۰ تا ۸۰ همت از درآمدهای مالیاتی و حق بیمه به‌دلیل فعالیت اتباع خارجی در بخش غیررسمی اقتصاد را از دست داده است.
با اضافه شدن یک تبصره به آیین نامه آموزشی دانشجویان غیر ایرانی (بین الملل)، پذیرش اتباع غیرایرانی مهاجر مقیم که در ایران تحصیل کرده اند، بدون کنکور مجاز نیست.
ثبت نام بدون کنکور دانشگاه های علوم پزشکی سراسری مختص اتباع خارجی هر سال برگزار می‌شد و دانشجویان در رشته های علوم پزشکی پذیرش می‌شدند اما الان شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی در جدیدترین مصوبه خود یک تبصره به آیین نامه آموزشی دانشجویان غیرایرانی (بین الملل) اضافه کرده است و از این به بعد شرایط برای پذیرش متفاوت خواهد شد.
در این مصوبه آمده است: «پیرو ابلاغیه شماره ۴۸۷۰/ ۵۰۰/ د مورخ ۲۱ شهریورماه ۱۴۰۲ بدینوسیله مصوبه جلسه ۹۴ مورخ ۱۲ اسفندماه ۱۴۰۳ شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی درخصوص اضافه کردن یک تبصره به بند ۱-۵ ماده ۵ آیین نامه آموزشی دانشجویان غیرایرانی (بین الملل) مصوب جلسه ۸۵ مورخ ۲۹ آذرماه ۱۴۰۱ شورای عالی برنامه ریزی علوم پزشکی به شرح زیر جهت اجرا ابلاغ می‌شود:
۵-۱-نداشتن تابعیت ایرانی (اخذ روادید دانشجویی برای ثبت نام و شروع تحصیل مطابق ضوابط مربوطه الزامی است.)
تبصره ۱: پذیرش اتباع غیر ایرانی مهاجر مقیم که در ایران اقامت داشته اند و داخل ایران تحصیل کرده اند، مجاز نیست. این گروه صرفاً از طریق شرکت و قبولی در آزمون سراسری (کنکور) می‌توانند در دانشگاه‌های علوم پزشکی داخل ایران تحصیل کنند.
تبصره ۲: چنانچه پس از پذیرش مشخص شود متقاضی دارای تابعیت ایرانی یا واجد شرایط مفاد تبصره ۱ است، پذیرش او کان لم یکن می‌شود.»
این ابلاغیه از سوی دکتر سیدجلیل حسینی معاون آموزشی وزارت بهداشت به دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور و موسسات آموزش عالی مرتبط با وزارت بهداشت و دانشگاه آزاد اسلامی ابلاغ شده است.
