پيام امام خامنه‌اي به مناسبت يكصدمين سال بازتأسيس حوزه علميه قم اكنون در دستور كار طلاب جوان و نخبگان حوزه‌هاي علميه در داخل و خارج كشور است. در اين پيام سخن از بازتأسيس و بازتعريف مأموريت جديد حوزه است.
وقتي سخن از اين دو مفهوم به ميان مي‌آيد معناي آن اين است كه ساخت قديم و كاركردهايش كم شده يا پاسخگوي نيازهاي جديد نيست.
حوزه‌هاي علميه در ايران سابقه هزار ساله دارد. موضوع تشكيل حكومت در دستور كار زعماي حوزه نبود. فقه و فقاهت حول مسائل فردي متمركز بود و در حوزه سياسي و اجتماعي كمتر تمركز داشت.
امام خميني (ره) اولين اسلام‌شناس، فقيه، فيلسوف، حكيم الهي بود كه در مقام تأسيس حكمراني الهي برآمد و از عهده استقرار يك نظام الهي در ايران برآمد.
نقد كاركرد حوزه‌ها و روحانيت يك نقد درون گفتماني در حوزه است. امامين انقلاب بارها به آن تفوه فرمودند و شهيد مطهري نيز سال‌ها قبل از انقلاب طي رساله‌اي درباره كم و كيف آن سخن گفته بود.
امروز سخن از چالاكي و چابكي نظري حوزه در پاسخ به مسائل نوپديد و سؤالات مربوط به حكمراني خوب است.
امروز سخن از جايگاه حوزه به عنوان قوي‌ترين و اصيل‌ترين پشتوانه نظري براي حكومت در حوزه‌هاي اقتصادي، اجتماعي، سياسي و حقوقي است.
نگاه مردم و انتظارات اقشار جامعه از حوزه اين است كه نيازهاي نظري و تئوريك حكومت از اين پايگاه پاسخ داده شود.
درس‌ها و متون بايد روي اين مفاهيم متمركز شود.
اين رويكرد نيازمند ساخت‌گشايي و بن‌افكني جديد در حوزه است.
امام خامنه‌اي اصلي‌ترين مأموريت حوزه را در اين پيام زمينه‌سازي براي تشكيل تمدن نوين اسلامي اعلام كردند.
مردم جهان امروز از تمدن غرب كه پايه‌هاي نظري آن را فيلسوفان مدرن و پست‌مدرن طراحي كردند بيزار هستند. تمدن غرب علي‌رغم ادعاهاي آن مبني بر دموكراسي آزادي و حقوق بشر كارنامه‌اي سياه در كاركرد اين سه مفهوم دارد.
فيلسوفان غرب در دموكراسي‌خواهي به استبداد و بازتوليد استكبار جهاني رسيدند و طي دو جنگ جهاني و جنگ‌هاي پس از آن ميليون‌ها نفر را به كام آتش و نابودي كشاندند. فيلسوفان غرب با ترفند آزادي و حقوق بشر ، وظايف اصلي بشر را كه انبياء و اولياي الهي بارها در سكوي بلاغ مبين مطرح مي كردند به طاق نيسان كوبيدند آنها حرف «از» را از تعريف آزادي به عنوان «رهايي از نفس» حذف كردند و انسانيت انسان را با تعريف «رهايي نفس» به مسلخ بردند.
آن‌ها در تعريف عملي حقوق بشر پرچمدار مطالبات ناحق مشتي سرمايه‌دار تبهكار و صهيونيست جاني شدند و ميليون‌ها انسان را در 5 قاره به دره فقر و فلاكت ، تحريم و تهديد كشاندند.
امروز نياز بشريت به دين و مفاهيم الهي بيش از هر زمان احساس مي‌شود بشر امروز مي‌خواهد از چاه ماديت و الحاد بيرون آيد. هيچ ريسماني محكم‌تر از ريسمان الهي اسلام و پيامبر اعظم و ائمه طاهرين براي برون‌رفت از معركه وجود ندارد.
حوزه امروز بايد متكفل تبليغ و ترويج اسلام ناب محمدي (ص) براي پديداري تمدن نوين اسلامي «ساخت گشايي» كند.
حوزه كه طي يكصد سال جديد موفق به ساخت دولت – ملت در جغرافياي سياسي ايران شده است اكنون بايد پاي در وادي «امت سازي» بگذارد.
فقه امت‌ساز از دل يك حوزه «پيشرو» و «سرآمد» بيرون مي‌آید. اين فقه متكفل «نوآوري» ، «پاسخگويي به مسائل نوپديد» و «مستعد براي طراحي نظامات اداره جامعه» خواهد بود.
حوزه بدون شك با «فقه امت ساز» وارد شكل‌گيري تمدن‌سازي مي‌شود و به تعبير امام خامنه‌اي «مجاهد فرهنگي مهذب» تربيت مي‌كند.
امروز در دانشگاه‌هاي جهان همه روزه هزاران تحقيق و پژوهش صورت مي‌گيرد. بازار تئوري‌پردازي و نظريه‌سازي داغ است. حوزه در پيوند با دانشگاه بايد در معرض اين طوفان‌هاي فكري و علمي قرار گيرد و خود را «به‌روز» نگه دارد.
جان پيام امام خامنه‌اي همين «به‌روز بودن» است. اين مسير را رهبري مي‌فرمايد در بستر «تقويت روحيه زهد» ، «تقوا» ، «قناعت» ،  «استغناء از غير خدا» ، «توكل» و «پيشرفت و آمادگي براي مجاهدت» مي‌توان طي كرد.
ساخت جديد حوزه بايد با حفظ دستاوردهاي سترك و باارزش آن در گذشته صورت گيرد. شالوده جديد بايد توأم با نوعي خوانش از نهاد علم در جهان باشد. علومي كه پيامبران به‌ويژه پيامبر اعظم حضرت محمد مصطفي (ص) و ائمه طاهرين از ناحيه وحي براي بشريت به ارمغان آورده‌اند.