سید حسن خمینی به ماجرای رد صلاحیت مرحوم هاشمی رفسنجانی در انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۹۲ اشاره کرد و گفت: [از رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی] ناراحت شدم. البته آن را هم می‌دانستم. به خود آقای هاشمی هم گفته بودم. وقتی ایشان ثبت‌نام کرد، روز شنبه بود. من قم بودم، همسرم بنده را از خواب بیدار کرد و گفت بیدارشو، گفتم چرا؟ چه اتفاقی افتاده؟ گفت چنین شده است.