سال ۱۳۳۲، بعد از کودتای ۲۸ مرداد تحصیلاتش را در دانشگاه پزشکی تبریز آغاز کرد. خودش درباره این دوران گفته است: «اگر یک کتاب طبی می‌خواندم در عوض ده رمان همراهش بود.» پس از دوران دانشگاه پزشکی به سربازی رفت اما برخلاف همه افراد تحصیلکرده که افسر وظیفه می‌شدند به دلیل فعالیت‌های سیاسی‌اش تنبیه و سرباز صفر شد. او تحصیلاتش را ادامه داد و از دانشگاه تهران در رشته روانپزشکی فارغ‌التحصیل شد، هفته‌ای دوبار در درمانگاهی در میدان قزوین در جنوب تهران مجانی مریض‌های روانی را معاینه می‌کرد. تنها برادرش، علی‌اکبر ساعدی، مطب شبانه‌روزی به نام مطب دلگشا داشت که غلامحسین هم مدتی در آن کار می‌کرد. آنجا به پاتوقی برای نویسندگان و روشنفکران تبدیل شده بود؛ «اینجا همه دوستان می‌آمدند، شاملو، براهنی، طاهباز، شاهرودی، جعفر والی و مهرجویی…» ساعدی در سال ۱۳۵۳ به زندان افتاد. او از جمله کسانی بود که وادارش کردند در یک مصاحبه تلویزیونی علیه خود اعترافاتی کند؛ اما کسی این اعترافات را باور نداشت.
او مدت زیادی را در دوران رژیم پهلوی در زندان به سر برد. خودش درباره دوران زندانی بودنش گفته: «در زندان آمدند و به من گفتند مادرت در حال مرگ است و مرا پایین آوردند و تلفن را برداشتم. گفتند تلفن قطع است و تو با این دوست ما می‌توانی بروی. یک بابایی را نشان دادند، مدیر چیز… آن بابا مرا با تاکسی برد و یکی دو نفر هم سوار شدند و یک‌دفعه سر از سازمان امنیت سمنان درآوردیم. آنجا بازرسی فوق‌العاده شدیدی شد و یک جیپ ساعت دوازده و نیم از تهران آمد و آن‌ها مرا سوار کردند و با سرعت وحشتناکی مرا به طرف تهران آوردند. دست‌ها و پاهای مرا به ماشین بسته بودند و گاه‌گداری اسلحه می‌کشیدند و می‌گفتند چطور است همین جا توی این دره کارش را بسازیم. از آنجا مرا مستقیم به اوین آوردند. می‌گفتند باید بگویی و من نمی‌دانستم چه را باید بگویم.
می‌خواستند آدم را به خوف بکشند مثلا بگویند تو باید موافق ما باشی و پدر درمی‌آوردند. می‌خواستند یک جور آدم را بی‌آبرو بکنند. من اعتصاب غذا می‌کردم و می‌گفتم باید به دادگاه بروم، آن‌ها می‌گفتند نه، باید مصاحبه بکنی. مصاحبه چی‌چی بکنم؟ چه مصاحبه‌ای بکنم؟ و به زور مرا به تلویزیون می‌کشیدند. آخرین بار که این‌ها پیله کرده بودند که باید به تلویزیون بیایی، به زور مرا به تلویزیون کشیدند. پرویز نیکخواه مسوول این قضایا بود. و ضابط فیلم هم یک دخترخانمی بود که وقتی مطب داشتم، به عنوان یک بیمار اپی‌لپتیک به من مراجعه می‌کرد. اصلا درست مثل چیز ما را بردند و نشاندند و یک بابایی هم آمد و آن گوشه نشست، یک جوان خوشگلی بود، سوالات را از قبل چندین بار برای من گفته بودند و گفتند در جواب‌هایی که خواهی داد باید این‌ها را بگویی.
یارو شروع به صحبت کردن کرد که خیلی خوشحالیم که بالاخره بینندگان در این برنامه شما را خواهند دید و اله و بله… آن‌وقت تا آن سوال را کرد، من خیلی راحت گفتم ای کاش من در بهشت زهرا بودم و اینجا نبودم. بعد نیکخواه گفت «کات» گفت بفرمایید. همین که گفت بفرمایید مرا آوردند و دوباره بردند برای زدن. بعد از اینکه من از زندان درآمدم، تقریبا دو ماه نمی‌توانستم تکان بخورم و حال خیلی بدی داشتم، یکی از دوستانم به زور مرا کشید به سمت شمال. هفته دیگر دیدم یک مصاحبه در کیهان چاپ کردند و یک عکس گنده هم از من زدند آنجا. بعد تمام آن چیزهایی را که خودشان ترتیب داده بودند از پرونده کشیده بودند بیرون، یعنی از پرونده بازجویی. خرداد ۱۳۵۴ بود.»
