متن پیام تسلیت حجت الاسلام حسن روحانی به این شرح است:

انالله و انا الیه راجعون

درگذشت آیت‌الله محمدتقی مصباح یزدی، از استادان برجسته حوزه علمیه و بنیان‌گذار مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره) موجب تأثر و اندوه گردید.

اینجانب این ضایعه را به حوزه‌های علمیه، علمای اعلام، شاگردان، علاقمندان و به‌ویژه بیت مکرم آن مرحوم تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند رحمان برای ایشان رحمت و مغفرت، و برای عموم بازماندگان صبر و سلامتی مسألت دارم.

                            حسن روحانی

               رئیس جمهوری اسلامی ایران