در این گزارش ها به ساخت یک مسجد جدید در کنار مسجد نیمه تمام قبلی اشاره ای نشده است.
به همین علت تردیدها و گمانه زنی های زیادی درباره این مسجد به میان آمد تا آن که جامعه دینی مسجد فاطمه زهرا ( س) باکو اخیرا با انتشار گزارشی پرده از ابهامات این موضوع برداشت .
در این گزارش آمده است: دغدغه های قشر متدین شهر باکو در باره این مسجد واقع در منطقه "ینی گونشلی " پایتخت جمهوری آذربایجان بی اساس نبوده و موضع گیری های مسوولان رسمی این منطقه نیز موجب نگرانی افراد متدین در رابطه این مسجد شد.
با وجود این شهرداری باکو در سال ۱۹۹۶ میلادی با اختصاص یک هکتار و ۳۰۰ متر مربع قطعه زمین برای احداث مسجد فاطمه زهرا ( س) در منطقه "ینی گونشلی" به صورت رسمی موافقت کرده و چند سال بعد ساخت مسجد در این محل آغاز شد، در مراحل بعدی مسوولان رسمی محلی از ادامه کارهای ساخت و ساز جلوگیری کرده و کار را به دادگاه کشیده و خواستار لغو مجوز اختصاص این قطعه زمین برای جامعه دینی مسجد فاطمه زهرا ( س) و تخریب مسجد شدند.
در سال ۲۰۰۹ میلادی مسجد فاطمه زهرا ( س) به اداره مسلمانان قفقاز واگذار و حکم دادگاه در باره تخریب این مسجد نیز لغو شد ولی با این حال در سالهای اخیر هرچندگاهی گزارشهای در باره احتمال تخریب این مسجد منتشر می شد که همانطور که گفته شد موجب نگرانی افراد متدین پایتخت جمهوری آذربایجان می شد .
با توجه به وضعیت پیش آمده ، ساختمان مسجد فاطمه زهرا ( س) که مکان عمده عبادت افراد متدین منطقه "ینی گونشلی " و مناطق همجوار به شمار می آید ، طی سالهای طولانی نیمه تمام مانده بود .
جامعه دینی مسجد فاطمه زهرا ( س) به تازگی با انتشار گزارشی با اشاره به این که ساخت این مسجد طی سالهای طولانی نیمه تمام مانده بود، افزود: نهادهای رسمی در پی بررسی های انجام گرفته ، ادامه کارهای ساخت و ساز در این مکان را از نظر معماری و ساختمانی امکان پذیر ندانسته و بر ضرورت ساخت یک مسجد جدید در این محل تاکید کردند.
در این گزارش با اشاره به ساخته شدن مسجد جدید به مساحت ۹۰۰ متر مربع دارای دو مناره در کنار مسجد قبلی و فراهم شدن شرایط عبادت همزمان برای دو هزار نفر ، اضافه شد : در حال حاضر کارهای عمرانی در اطراف این مسجد ادامه دارد و کار به جای رسیده است که برای ادامه امور عمرانی نیاز به تخریب مسجد قبلی است .
در این گزارش اضافه شد : مسجد جدید هم نام فاطمه زهرا ( س ) را خواهد داشت و هیچ تغییری در مساحت زمین اختصاص یافته برای آن و اعضای هیات اداری جامعه دینی آن نخواهد بود .
