در پیام تسلیت حجت الاسلام و المسلمین حسن روحانی آمده است: ارتحال فقیه وارسته علامه ذوفنون، حضرت آیت‌‌الله حاج حسن حسن‌زاده آملی موجب تاثر و تالم خاطر فراوان شد.

رییس دولت دوازدهم خاطرنشان کرد: این استاد فقه و فلسفه و عرفان افزون بر تسلط بر علوم حوزوی، ریاضیات، نجوم و ادبیات، شهره به اخلاق و تهذیب نفس بود و تمام عمر پربرکت خود را وقف ترویج و تبیین فرهنگ و معارف اسلامی، تربیت شاگردان فراوان و انجام  فعالیت‌های مختلف علمی و فرهنگی کرد که بی‌شک خدمات این عالم ربانی در خاطر مردم قدرشناس ایران باقی خواهد ماند.

وی در این پیام این ضایعه را به حوزه‌های علمیه، عموم شاگردان و علاقه‌مندان و به‌‌ویژه بیت مکرم آن مرحوم تسلیت گفت و از درگاه خداوند برای وی رحمت واسعه الهی و همجواری با ائمه اطهار(ع) و برای عموم بازماندگان صبر و سلامتی مسالت کرد.

آیت الله حسن حسن‌زاده آملی شامگاه شنبه در بیمارستان امام رضا (ع) شهر آمل به دلیل کهولت سن در ۹۳ سالگی دارفانی را وداع گفت.