هوتن در ۱۸ دسامبر ۱۵۰۵ در کونیگ شوفن واقع در فرانکونیای سفلی، جنوب شرق آلمان امروزی به دنیا آمد و چندین سال را در دربار امپراتور کارل پنجم گذراند. این امپراتور ونزوئلا را به خانواده ولزر که از شهر اگزبورگ آلمان بودند بخشید.
هوتن به دسته‌ای ۶۰۰ نفره از ماجراجویان به سرپرستی گئورگ فون اسپایر راهی سفری دریایی به مقصد ونزوئلا شد. این گروه در فوریه ۱۵۳۵ به «کورو»ی این کشور رسیدند و هوتن با فون اسپایر در سفر اکتشافی و طولانی‌اش در پی یافتن طلا، همراه شد. این سفر دو سال و تا ۱۵۳۸ به طول انجامید و در نهایت سفر آن دو در سرچشمه‌های رودخانه جاپورا نزدیک به خط استوا پایان یافت.
پس از مرگ اسپایر در ۱۵۴۰، هوتن در همان سال حاکم نظامی ونزوئلا شد. یک سال بعد کورو را همراه با ۱۵۰ مرد که اکثرا اسب‌سوار بودند ترک کرد. هر چند هوتن ابتدا مسیر اسپایر را پی گرفت اما بعدتر با عبور از ریوبرمجو، راهی لوس لیانوس (واقع در پورتوریکوی فعلی) شد. در این ناحیه هوتن با شمار زیادی از سرخپوست‌های توپی از قبیله اوماگوا درگیر و به‌شدت مجروح شد.
در پاییز ۱۵۴۴ او و بازماندگان گروهش گرسنه و بیمار راهی کورو شدند، اما در صد مایلی این شهر و درست قبل از عید پاک ۱۵۴۶، فیلیپ فون هوتن به‌دست خوان دکارهال اسپانیایی بازداشت و سپس کشته شد. کارواهال که ازیک سال قبل به سمت حاکم نظامی ونزوئلا رسیده بود، بازگشت هوتن را خطری بالقوه برای جایگاه خود می‌دید و به همین دلیل وی را به قتل رساند. هشت سال پس از مرگ هوتن امتیاز خانواده ولزر لغو شد و حاکمیت آلمانی‌ها در ونزوئلا پایان یافت.
از هوتن چندین نامه و گزارشی از نخستین قسمت از ماجراجویی‌هایش باقی مانده است. دست‌نویس این گزارش به آلمان آورده شد و تا مدت‌های طولانی در کتابخانه‌ای باقی ماند. در نهایت در سال ۱۷۸۵با عنوان «اخبار از هند غربی توسط نجیب‌زاده فیلیپ هوتن» منتشر شد. این متن حاوی پاره‌ای از رخدادهای سفر هوتن و توصیفاتی تصویری از ممالکی است که وی از آنها گذشته بود.
